Od 35 lat NFOŚiGW pozostaje liderem w kreowaniu i wdrażaniu programów proekologicznych, dysponując największym w Polsce potencjałem finansowym w tym zakresie. Fundusz został utworzony w okresie przemian ustrojowych w 1989 roku. Celem jego powołania była odpowiedź na ówczesne wyzwania związane z koniecznością usunięcia skutków ogromnej degradacji środowiska i wieloletnich zaniedbań w sferze polityki ekologicznej państwa.
Przez pierwsze dekady działania NFOŚiGW skupiał się na cofaniu niekorzystnych zmian w otoczeniu oraz finansowaniu podstawowych inwestycji w sferze ochrony środowiska i gospodarki wodnej, związanych z nowym podejściem do ekologii. Potem jego rola ewoluowała wraz ze zmieniającymi się potrzebami gospodarki i społeczeństwa.